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AmplifX

Gérer, tester et dessiner ses amorces pour la PCR

Version 1.7.0

(Mise à jour du 21 novembre 2013)

Principales fonctions

– Gérer ses amorces

Importation ou création facile de listes d’amorces
Nommer, commenter, trier les amorces
Partager simplement les listes d’amorces (fonctions automatique de verrouillage en lecture seule lorsque la liste est déjà chargée par un utilisateur)
Calculs automatiques d’un score de qualité (TM [méthode Santa Lucia], longueur, GC%, autodimère, complexité, etc
Compatible avec les séquences dégénérées

– tester ses amorces

Localisation des amorces sur des séquences cibles (nombreux formats pris en charge et copier-coller "intelligent")
Prédiction des fragments amplifiés
Représentation graphique interactive
Informations pertinentes sur les "matches" et amplicons (TM, taille, dimères prédits, etc)

– Dessiner des amorces

Interface simple et intuitive pour créer de nouvelles amorces pour amplifier un fragment donné, un amplicon de taille donnée, etc
Nombreuses options de désign

Nouveautés de la dernière version

– Version Mac maintenant sous Cocoa (compatible Mac OS 10.9 Mavericks et écrans Retina)
– Support des très grosses séquences. (Testé avec séquences de plus d’un million de bases)
– Très nette amélioration de la vitesse de la plupart des opérations consommatrices de temps : ouverture des séquences et des listes d’amorces, recherches de matches, design d’amorces... (grâce à l’aide de Theodore H. Smith. Ce gars est un génie !)
– Version multilingue : toujours uniquement en anglais et français mais dans un seul "bundle". (Traducteurs bienvenus !)
– Tri multi-critères des listes d’amorces (voir menu "Amorces > Trier sur plusieurs critères...").
– Réorganisation manuelle de l’ordre de tri des amorces (glisser déplacer)
– Possiblité de retrier les amorces au niveau du numéro interne (ordre de création) et d’enregistrer ce tri.
– Ajout d’un nouvel élément (slider) dans la fenêtre principale : permet de modifier rapidement le nombre de nucléotides parfaitement identiques à la cible sur l’extrémité 3’ de l’amorce : plus ce nombre est petit plus l’algorithme de recherche d’appariement possibles des amorces sur la séquence cible est sensible et plus il est élevé : plus l’algorithme est rapide.
– Amélioration de la gestion menu "annuler"
– Amélioration des fonctions de zoom de la représentation graphique
– Nombreuses corrections !

Voir l’historique complet des versions

Télécharger AmplifX 1.7.0 en version multilangue (français et anglais)

**AmplifX Mac**

Mac OS 10.5 ... 10.9 (Cocoa) Multingual (Fr, En)

Versions spéciales (anciens Mac - AmplifX version 1.6.3)

Mise à jour du 25 novembre 2013 : les versions 1.6.3 ci dessous ne forcent pas le téléchargement de la nouvelle version 1.7 (puisque cette dernière n’est pas compatible avec les "vieux" Mac

Mac Intel Mac OS 10.4 10.5

Avant Mac OS 10.6 (Mac Intel uniquement)

Mac PPC

Pour les Mac PowerPC (G3, G4, G5)

Aide :

– Aide rapide.

Informations légales :

Merci de citer AmplifX dans vos publications :

AmplifX XXX [version number] by Nicolas Jullien ; CNRS, Aix-Marseille Université - http://crn2m.univ-mrs.fr/pub/amplifx-dist

Ce programme est mis gratuitement à la disposition de la communauté scientifique en l’état et tel quel. L’auteur ne pourra être tenu responsable d’un éventuel mauvais fonctionnement.

Programmation

Présentation d’AmplifX